こんにちわ。kimonoです 
弊社にてサイトを構築させていただいたお客様限定でご提供させていただいているサポート・保守・メンテナンスプランですが、常に何かあるたびに、サイトの保守・メンテナンスを行っており、利用しやすい環境へと改善させていただいております。
サポート・保守・メンテナンス付レンタルサーバーパック
その中でも弊社の中でも利用者の特に多い、Zen Cartでの直近で行っているバージョンアップ作業をご紹介させていただきます。
既に、弊社でご利用のお客様は適用済みのものとなります。
・直近10日の履歴が時々同一日付にて複数作成される現象
こちらは、セッションにkeyが作られていないため、この処理を書き込んだりする際にアクセスがあったりすると、その分作られるようになっていました。
データーベースの構造を変更し、keyをつくり、同じ日付にて作成されないようにし、自動的にいくつも作られにくい設計に変更しました。
・Zen Cart.jpの携帯モジュールにて、Willcomで簡単ログインをしようとすると、機種情報を取得できないため、Willcomを利用するユーザー全てが同じアカウントでログインするようになっている現象
Willcomだけでは機種情報の発行ができず、仕組みをcokkieにて作り直すのも大変な上、Willcomユーザーは全体の1％にも満たさないため、Willcomユーザーの場合のみ簡単ログイン機能を利用できないようにしました。
・Zen Cart1.3系はPHP5.4にて各箇所において日本語利用ができなくなる現象
htmlspecialcharsの処理にて明示的に文字コードを示さないと日本語利用ができなくなってしまったため、htmlspecialcharsが利用されている箇所にて全てに明示的に文字コードを示すようにしました。
※こちらは弊社の新サーバーご利用のお客様のみの対応となります。
・Zen Cart.jpの携帯モジュールをインストールしていた場合、PHP5.4ではサイト全体にアクセスができなくなる現象
携帯モジュールの一部のプログラムが対応していなかったため、対応するように変更することでアクセスができるようになりました。
・ckeditor、fckeditorがIE10で利用できなくなる現象
ckeditor は「 *Internet Explorer*: 8.0, 9.0, /9.0 Quirks/, and 10 をサポートしています。」となっています。
http://docs.ckeditor.com/#!/guide/dev_browsers
しかし、これら全てのブラウザをサポートする為には Document Type の宣言がXHTML 1.0 Transitional と定義されている必要があります。
ZencartはSHOP側でのテンプレートは XHTML 1.0 Transitional になっていますが、管理画面側では
HTML 4.01 Transitional
となっており、Zen Cartの管理画面ではテンプレート制になっていないため、管理画面を全て作り直さないと対応ができませんでした。
こちらを.htaccessにて管理画面の際には下位互換とすることで、擬似的に対応しました。
・ckeditorでは画像登録ができない現象
fckeditorなどでもよくこの画像登録の機能がハッキングされ、画像ではないウィルスや、スパムファイルが大量にアップロードされ、システムや、サイトを踏み台にして、さまざまなサイトへ攻撃する方法が流行ったために、利用できなくなっておりました。
ckeditor自体を管理者でログインした場合のみ利用可能に変更し、kcfinderと連動させ動作させるように変更しました。
・1.5へ1.3時代の各モジュールが対応していない現象
かなり多くのプログラム、モジュールがありましたが、ほぼ1.5での動作、PHP5.4での動作に対応しました。
また、情報がありましたら更新していきます 
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